Napriek tomu, že chotár Rohožníka bol osídlený už v období Veľkej Moravy, pramene k najstarším dejinám obce sú veľmi skromné. Prvá písomná zmienka o obci pochádza z roku 1532 a patrila grófom zo Sv. Jura a Pezinka. Správa o miestnom kostole je z roku 1561 a zachovalo sa renesančné pečatidlo obce, ktoré je uložené v Maďarskom národnom múzeu v Budapešti.

Je na ňom zobrazená postava rytiera a podľa kruhopisu pečatidla: SIGILLUM PAGI RARBOCHI ..63 a listu z roku 1636, na ktorom je táto pečať, datuje prof. Jozef Novák jeho vyhotovenie do roku 1563. Význam rytiera ako symbolu obce Rohožníka nie je doteraz vysvetlený. Jeho pôvod je najpravdepodobnejšie odvodený od rodového erbu niektorého zemepána vlastniaceho Rohožník.

Počas 16. storočia bol Rohožník súčasťou Plaveckého panstva. V roku 1720 mala obec mlyn, vinice a 61 daňovníkov, v roku 1828 156 domov a 1140 obyvateľov. V 18. storočí tu existovala papiereň. Nová situácia v oblasti obecnej symboliky v 18. storočí mala za dôsledok, že si obecná samospráva nechala vyryť patrónov farského kostola sv. Kozmu a Damiána (boli to patróni starého, už nestojaceho kostola a preslávili sa ako ľudomilní liečitelia a zvykli sa zobrazovať s lekárnickou sklenenou nádobou).

Rohožnícky sv. Kozma však drží v ruke zvitok papiera a sv. Damián pero a knihu. Táto osobitá podoba svätcov tu má svoj význam, pretože podľa prof. Jozefa Nováka odzrkadľuje existenciu rohožníckej papierne. Ako napísal prof. Jozef Novák vznikol tak jedinečný symbol obce, ktorý dokumentuje túto historickú skutočnosť.

Obec sa však koncom 20. storočia vrátila k najstaršiemu symbolu, ktorým je rytier v brnení. Erb Rohožníka teda tvorí modrý štít, v ktorom je zobrazený rytier v striebornom brnení so zlatým opaskom a s červeným plášťom prichyteným zlatou sponou, ktorý drží v pravej ruke strieborný meč so zlatou rukoveťou.